由此而引发的新兴市场经济组织要不要建立党组织、党组织是建在内还是建在外、是否要形成具有纵向隶属关系的党组织体系等“体制论争”，给基层党建工作带来巨大困扰，全国若干个新经济组织和新社会组织建立不起党组织，新兴领域内党员组织关系管理混乱。一些地方虽然建立了党组织，却不能理直气壮地开展党的建设。党在新兴领域的执政能力受到严重挑战。

“体制论争”让人裹足不前，但也激发了人们冲破桎梏，追求真理的勇气和责任。很快，关于正确认识“体制论争”，突破“理论障碍”的领导讲话、政策文件、理论文章等陆续走进了我市基层党建工作的各种会议、理论研讨、专题培训等，从马克思主义建党学说，党的基层组织发展历史，党在市场经济组织的地位作用，党的自身建设与党的执政能力建设的关系等诸多层面，对“体制论争”的思想根源、理论观点、实践危害等，进行修正和纠偏，统一大家思想。一是在“价值观”上，针对“要不要建立党组织问题”，明确提出“党作为中国特色社会主义事业的领导核心，有群众的地方就应该有党员，有党员的地方就应该有党的组织，以保证和实现党的有效领导。对于市场经济体制下出现的各类市场经济组织，我们党不去占领，其他政治力量就会占领”。新兴领域“不仅要建党，还要理直气壮”。二是在“参照系”上，指出“市场经济条件下出现的新经济组织和新社会组织，分别属于企业制度和市场体系范畴，都是市场经济体制的重要组成部分”，“这些新兴市场经济组织不是体制外组织，而是市场经济体制内的重要组成部分”。三是在“时空观”上，强调“党的建设工作作为一定历史阶段的一种社会存在，必须适应社会历史发展的一般规律，必须随着变化了的时间、地点、条件而转移、变化、发展。越是改革开放、发展市场经济，越要加强党的建设。这也包括在新兴领域建党工作和开展党的活动。”

围绕党组织“建在新兴经济组织‘内’还是建在‘外’”之争，市委组织部有关领导多次在相关会议上强调：党的建设新的伟大工程是为中国特色社会主义的伟大事业服务的，党的基层组织只有紧紧贴近各种组织和各项工作进行建设，才能在提高自身建设水平的基础上，提高执政能力建设水平。因此，市场经济组织党组织“必须建在‘内部’，这样才能更好地发挥作用”。针对“市场经济组织是否要建立自上而下严密的党组织体系”疑问，则进一步指出：“严密的组织体系是无产阶级政党区别于其他政党的重要标志之一。实现把人类带入共产主义社会这一长远目标，必须以严格的纪律、严密的组织来作保证。市场经济组织虽然是新生的，但只要建立起党的组织，就必须有明确党的责任主体，形成具有纵向隶属关系的党组织体系，保证党组织始终处于上级党组织的领导之下，使不同类型的市场经济组织党组织在各自所属的领域内，按照自身的规律和特点有效地运行。唯此，才能建立起基层党建工作的新秩序，才能在市场经济条件下更好地发挥基层党组织的领导核心或政治核心作用，党才能担负起领导社会主义市场经济发展的任务”。